1989年6月，新疆文物古迹保护中心的前身“新疆文化厅克孜尔千佛洞石窟维修办公室”正式成立。1992年3月，更名为“新疆文化厅文物保护维修办公室”。2001年7月，为适应我区文物保护事业发展的需要，更名为“新疆文物古迹保护中心”。
中心主要工作职责为：文物古迹保护、文物古迹保护研究、文物古迹维修加固方案拟定、文物古迹维修施工、工程设计及工程监理、促进文物事业发展。中心已取得文物保护工程勘察设计甲级资质和文物保护工程一级施工资质。
中心由梁涛担任主任、刘洪平、阿布都艾尼.阿不都拉担任副主任。下设办公室、财务室、资料室、科研部、《新疆文物保护工程》编辑部、文物保护工程技术中心、文物信息咨询中心、文物修复研究所、古建筑及古遗址保护设计所9个科室。中心现在乌鲁木齐市西北路581号新疆文博信息楼内办公。
自成立以来，中心主要开展的工作有：参与丝绸之路新疆段重点文物保护项目、自治区文物保护“十一五”计划中的十一处文物保护单位抢救性保护设施建设项目的可行性研究报告（代建设方案书）的工作、北庭故城西大寺保护维修项目、联合国教科文组织投资的库木吐喇石窟的保护维修项目、交河古城申遗工作；完成克孜尔石窟1—3期的维修加固工程、库木吐喇石窟的勘察测绘及临河61个洞窟的壁画抢救工作、交河故城测绘工作及92—97年的保护工程、高昌故城测绘工作、阿巴和加麻扎的勘察设计、苏里坦.苏吐克.博格拉汗麻扎的重建工程、昭苏圣佑庙的勘察工作、米兰古城围栏方案设计、自治区41处国家级文物保护单位“四有”档案著录工作以及申报第六批国家级文物保护单位的文本制作和论证工作、乌鲁木齐市乌拉泊古城抢险加固工程勘察设计方案、和静县王爷府修缮工程勘察设计方案、乌什县钟鼓楼修缮工程勘察设计方案、昌吉市老粮仓修缮工程勘察设计方案、和田重点文物抢救性保护性设施工程的方案和设计、玛纳斯县陕西会馆修缮工程勘察设计方案、于田艾提卡大清真寺修缮工程勘察设计方案、墨玉县夏合勒克封建庄园修缮工程勘察设计方案、昌吉市老粮仓修缮工程设计方案、库车县林基路烈士纪念馆修缮工程勘察设计方案、和田地区（尼雅、安迪尔和热瓦克佛寺遗址）佛塔加固工程、木垒县铁木尔汗、艾贤木汗麻扎修缮工程勘察设计方案、木垒县四道沟遗址勘察设计方案、库车县墨拉纳额什丁麻扎修缮工程勘察设计方案、奇台县甘省会馆修缮工程勘察设计方案、奇台县直隶会馆修缮工程勘察设计方案、伊宁市三区革命政府政治文化活动中心旧址修缮工程勘察设计方案等；建立新疆文物保护网站；编辑出版《新疆文物保护工程》内部刊物。
