1959年，新疆维吾尔自治区博物馆正式成立，老一代革命家朱德委员长亲自写了“新疆维吾尔自治区博物馆”馆名，当时为农业博物馆图案。1962年迁址改后改称新疆维吾尔自治区博物馆（以下简称为新疆博物馆）并对外开放。2005年9月，新疆博物馆新馆在原址建成并隆重开馆。2008年5月，作为全疆最大的文物和标本收藏保护、科学研究、宣传教育机构，新疆博物馆通过国家博物馆评估定级，成为新疆唯一一座国家一级博物馆。
目前，新馆建筑面积17288平方米，收藏有历史、民族、新疆革命史料等各类文物和标本37000多件。其中，国家一级文物381件，约占全疆总数的54%。
现在对外开放的基本陈列有：《找回西域昨日辉煌—新疆历史文物陈列》、《新疆民族风情陈列》、《新疆民族风情陈列》、《逝而不朽惊天下—新疆古代干尸展览》、《历史的丰碑—新疆革命史料展览》。这些陈列国内外观众全面了解新疆人文历史、民族文化以及中国共产党在新疆艰苦奋斗的光辉历史提供了最直观、便捷的窗口。
新疆博物馆内设办公室、后勤管理科、保卫科、陈列部、保管部、考古部、文物保护技术部、资料室、宣教部、文化产业公司。各部室在馆党委ude正确领导下，为新疆文博事业发展繁荣，文物资料的保护及利用以及爱国主义和民族团结教育，加强社会主义精神文明建设、扩大对外文化交流方面发挥了重要的作用。2006年，宣教部被自治区总工会授予为“五一文明岗”称号。
建馆至今新疆博物馆参与取得重要科研成果有：《中国美术分类全集——新疆石窟》获国家五个一工程奖和新疆维吾尔自治区图书一等奖；《吐鲁番出土文书》获国家科学基金项目优秀成果一等奖；《吐鲁番出土法律文献》获中国社科院第二届优秀科研成果荣誉奖；《中国博物馆——新疆维吾尔自治区博物馆》及《回鹘文弥勒会见记》分别获自治区第二届社会优秀成果著作一、二等奖；《丝绸之路草原石人研究》和《卫拉特蒙古简史》分别获自治区第二、四届社科成果著作二、三等奖；《新疆历史图说》被评为2006年全国书市新疆精品图书。
近年来在国内外举办大文化交流展览有：2000年韩国温阳民俗博物馆《中国新疆丝绸之路文物及民族手工艺品展》；2001年北京中华民族园《新疆民族文化风情展》；2002年日本东京国立博物馆“中日邦交正常化30周年纪念特别展”——《中国新疆丝绸之路文物展》；2003年北京国家博物馆《天山古道东西风——新疆丝绸之路文物展》；2005年美国大都会博物馆《走向盛唐》文物展；2005年日本岗山等地《新丝绸之路展》；2006年香港文化博物馆《“丝绸珍宝”新疆文物大展》；2008年德国《中国新疆丝绸之路文物展》；2008年台湾《丝路传奇——新疆文物大展》等。
为了充分发挥新疆博物馆的龙头作用，在自治区文化厅和文物局的大力支持下，博物馆目前正积极申请“新疆文物修复基地”项目。文物库房恒温恒湿技术应用项目和展厅改陈工程等项目。
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