1985年，新疆维吾尔自治区龟兹石窟研究所正式成立，负责管理和研究龟兹地区已经发现和未发现的石窟。已发现的龟兹石窟主要包括拜城县的克孜尔、台台尔、温巴什，库车县的库木吐喇、森木塞姆、玛扎伯哈、克孜尔尕哈、阿艾，新和县的托乎拉克艾肯等九处石窟群，分布在三县960平方公里的范围内。研究所所址在拜城县克孜尔石窟。
在上述石窟中，1961年克孜尔和库木吐喇石窟被列为全国重点文物保护单位；1996年，森木塞姆石窟被列为全国重点文物保护单位；2001年，克孜尔尕哈石窟被列为全国重点文物保护单位；2006年，台台尔、温巴什、玛扎伯哈、阿艾、托乎拉克艾肯石窟被列为全国重点文物保护单位。九处石窟群 洞窟600余个，保存壁画面积约1万余平方米。现在可移动文物700余件。其中国家一级文物20件，二级文物11件、三级文物49件。现存的石窟从公元3.、4世纪到12世纪，历经了千年之久。其中，克孜尔石窟饰中国地理位置最西、开凿年代最早的大型石窟群，它与甘肃敦煌莫高窟、山西大同云冈石窟、河南洛阳龙门石窟并称为中国四大石窟。其次是库木吐喇石窟，由于他保存了唐代中原汉地佛教文化而享誉中外，也是自古以来新疆就是祖国不可分割一部分的历史见证。
研究所内设研究中心、资料中心、保卫科、办公室、保管部、接待部、后勤部。各部室在所领导的正确领导下，为新疆石窟保护盒研究事业的发展繁荣，文物资源的利用以及爱国主义和民族团结教育，加强社会主义精神文明建设、扩大对外文化交流等方面发挥了重要的作用。
自成立以来，研究所与国内大学积极合作，先后成为北京大学文博学院、上海大学美术学院、新疆师范大学美术学院、新疆艺术学院高等学校的教学实习基地，并被确定为阿克苏地区爱国主义教育基地。1994年，新疆龟兹石窟研究所在克孜尔石窟举办了“鸠摩罗什与中国民族文化——纪念鸠摩罗什诞辰1650周年国际学术研讨会”；1997年，举办了“唐代西域文明——安西大都护国际学术研讨会（佛教美术考察）”；1998年举办了“唐代西域文明——安西大都护府国际学术研讨会”。
建所至今，新疆龟兹研究院参与并取得的重要科研成果有：《中国石窟．克孜尔石窟》三卷本、《中国石窟.库木吐喇石窟》获夏鼐考古奖；《中国美术分类全集.新疆石窟》获国家“五个一”工程奖和新疆维吾尔自治区图书一等奖；《中国音乐文物大系.新疆卷》获国家优秀著作奖。
为了加大龟兹地区石窟的保护管理和龟兹文化的研究开发，在自治区人民政府、文化厅和文物局的大力支持下，2009年4月25日，新疆龟兹研究所更名为新疆龟兹研究院，下设克孜尔石窟保护所、库木吐喇石窟保护研究所和森木塞姆石窟保护研究所。 |
