新疆考古研究所原为新疆维吾尔自治区 社会科学学院考古研究所（1978年成立），1986年更为改名，隶属于新建维吾尔自治区文化厅。全所现有编制52人，截至2009年12月，现有职工48人，内设考古部、文物保护技术部和办公室；其中研究馆员5人，副研究员11人，馆员8人；少数民族人数12人。
新疆考古所的工作职责是严格遵循国家“保护为主，抢救第一”的文物工作方针，按照《文物保护法》的要求，承担新疆全境文物保护、考古调查、发掘和考古研究任务。建国60年来尤其是改革开放以来，在中央和自治区党委、政府的亲切关怀下，在国家文物局、自治区文化厅、文物局的大力支持和具体指导下，新疆文物考古工作者克服重重困难，辛勤耕耘，上世纪80年代末以来参与完成了全区文物普查；配合国家交通、 能源、水利建设，调查发掘了阿拉沟古墓葬、鄯善苏贝希、洋海墓地、哈密天山北路林雅墓地、乌鲁木齐乌拉泊和柴窝堡古墓葬、特克斯恰普其海水库墓地、尼勒克县吉林台水库墓地、塔什库尔干下坂地水库墓地、拜城克孜尔水库墓地、阿勒泰卡拉朔克水库墓地等近40余处，主动性调查、发掘了吐鲁番交河故城沟西旧石器地点、孔雀河古墓沟墓地、五堡墓地、交河故城沟北墓地、石河子 南山墓地、新源铁木里克墓地、察布查尔索墩布拉克墓地、和静察吾乎沟墓地、洛浦山普拉墓地、尉犁营盘墓地、楼兰古城、小河墓地等近50多处地点。截至目前为止，发掘古墓葬、古遗址近百处。其中，1995年尼雅遗址墓地、1997年营盘墓葬、2004年小河墓地、2007年库车晋十六国砖室墓的发掘，曾分别评选为当年全国十大考古新发现。同时，新疆文物考古研究所还组织了涉外考古合作，并与国内高校、科研院所合作，开展了体制人类学、科技考古的合作研究，取得了一系列具有重要科研价值的文物科研成果。遵照国家和自治区文物对外交流和宣传的要求，新疆文物考古所还积极参与了在国内外的历次中大中型新疆丝绸之路出土文物展览，先后编辑出版了《新疆古代民族文物》、《新疆丝路考古珍品》、《新疆文物古迹大观》等目录，以及《新疆考古三十年》、《新疆文物考古新收获》、《新疆文物考古新收获1990-1996年（续）》、《新疆察吾乎考古发掘报告》、《中日共同丹丹乌里克遗址考古发掘报告》等考古报告，发表学术论文和科研报告千余篇。新疆考古的发现与研究，为系统准确地阐明新疆自西汉以来就是中国不可分割的一部分，提供了重要的历史物证，为维护祖国统一、民族团结和社会稳定做出了积极贡献。
新的历史时期，新疆文物考古研究所将认真贯彻党中央、国务院时期文物工作方针，加强领导，精心组织好配合国家基本建设之中的文物调查和发掘；圆满的完成国家第三次文物普查工作；高度重视考古发掘资料的科学整理；积极做好丝绸之路重点文物保护工程的前期考古发掘；增进国内外学术交流合作；鼓励科研人员高起点、有计划第研究新疆考古的热点、难点问题，全面提高新疆考古发掘和研究的质量水平；严格遵照国家《文物保护法》、《档案法》、《考古发掘管理办法》等法律法规，强化对考古工作的依法、规范管理，为文物保护和文物资源的良性合理利用服务。 |
